Federalna uprava ciivlne zaštite je organizirana kroz sljedeće organizacione jedinice:
1. Kabinet direktora,
2. Sektor za planiranje, mjere zaštite i spašavanja i vatrogastvo,
3. Centar za obuku struktura zaštite i spašavanja i tehničke poslove,
4. Sektor za računovodstveno – finansijske poslove, javne nabavke i skladištenje,
5. Sektor za pravne i opšte poslove,
6. Inspektorat,
7. Sektor za organizaciju deminiranja i uništavanja eksplozivnih sredstava,
8. Operativni centar civilne zaštite,
9. Jedinica za internu reviziju.
